La scuola del seminario vescovile «Giovanni XXIII» è una scuola cattolica che «assume una sua connotazione specifica, in quanto contribuisce a orientare la vocazione dei futuri presbiteri e si trova inserita in una istituzione che è in rapporto speciale con il Vescovo e con la comunità diocesana. Poiché questa scuola è collegata con tutta la vita e gli scopi del Seminario , essa non solo ne terrà presenti le finalità vocazionali, ma si svilupperà continuamente in armonia con esse» (La formazione dei presbiteri nella Chiesa italiana, n° 60).
Si articola in Scuola secondaria di I grado, Liceo classico e Liceo delle scienze umane opzione economico sociale con curvatura musicale.

Finalità educativa fondamentale della scuola del Seminario è la formazione cristiana della personalità dell’alunno, con particolare attenzione al discernimento della propria unicità vocazionale rispetto alla vita sacerdotale. Al raggiungimento di questa meta concorre tutta la vita del Seminario ; la scuola in modo particolare e specifico. Tale scuola perciò, se da un lato, a livello educativo, deve partecipare alla cura dell’integrazione fra insegnamento scolastico e formazione seminaristica, dall’altro, a livello didattico, deve articolare in modo corretto, aggiornato e conforme agli indirizzi ministeriali, la circolarità del rapporto alunno-insegnante-sapere, affinché l’alunno possa superare ogni forma di confusione e di esteriorità fra apprendimento scolastico e progetto personale vocazionale.

Destinatari sono gli alunni convittori del Seminario e degli Istituti religiosi della diocesi, che sono impegnati in un preciso cammino vocazionale anche prima e dopo la scuola. La loro situazione socioculturale, le loro attese e i loro bisogni personali – tipici dei preadolescenti e degli adolescenti di oggi – sono costantemente monitorati dai sacerdoti-educatori di comunità per garantire continuità e unità al processo educativo.
Dall’anno 2010 la scuola è aperta anche ad alunni esterni.

La programmazione educativa e didattica di Istituto è affidata al Collegio dei Docenti, che opera in conformità alla normativa che regola il sistema educativo nazionale di istruzione e formazione (art. 21 della legge n. 59/1997 e Dpr. attuativo n. 275/99 sull’autonomia; legge n. 62/2000 sulla parità; legge costituzionale n. 3 del 18 dicembre 2001 che introduce il principio di sussidiarietà). Per la Scuola Secondaria di primo grado in particolare, esso rispetta le prescrizioni dei documenti nazionali della legge delega n. 53/2003, introdotti dal DL. 19 febbraio 2004 n. 59 allegati C, D (Profilo e Indicazioni nazionali).
La partecipazione è valorizzata a tutti i livelli attraverso gli organi collegiali: Consiglio d’Istituto, Giunta esecutiva, Collegio dei docenti, Consigli di classe, Assemblee di classe e di Istituto, incontri programmati con i genitori, Consulta studentesca.