Nei limiti dello spazio disponibile, la Biblioteca accetta in deposito archivi e raccolte bibliografiche e documentarie del Seminario e di altri enti (ecclesiastici), conservando la loro individualità e integrità, attraverso la conservazione della copia dell’atto di deposito, il timbro e la collocazione in un luogo a loro riservato.
Attualmente sono presenti in deposito:
- l’Archivio storico del Seminario (dal 1997), che nella primavera del 2004 è stato informatizzato con il programma Sesamo della Regione Lombardia. Esso comprende i documenti prodotti dal Seminario nella sua storia e una serie di archivi aggregati relativi a personalità civili e religiose che hanno operato nella società e nella Chiesa bergomensi. Attualmente conta 342 buste, 1527 registri e 11 album. Gli estremi cronologici delle carte e dei documenti riordinati e inventariati vanno dal 1526 al 1985;
- la Biblioteca Capitolare, dal 21 marzo 1986, ma solo per la parte riguardante i libri e i periodici stampati a partire dal 1501, in quanto gli incunaboli e l’Archivio Capitolare sono stati collocati nell’Archivio della Curia Vescovile di Bergamo. La consistenza del fondo è di circa 12.000 monografie (Inventario Cavagna del 1955), con 246 cinquecentine (catalogo a stampa);
- il fondo “Biblioteca della Curia Diocesana”, da catalogare;
- la Biblioteca e l’Archivio del beato Papa Giovanni XXIII e di S. E. Mons. Loris Francesco Capovilla (dal 25 novembre 1995). Nel 2000 è stata poi costituita la Fondazione “Papa Giovanni XXIII” con annesso il Centro Studi “Monsignor Giacomo Maria Radini Tedeschi” per lo studio della figura di Papa Giovanni e della storia religiosa bergamasca degli ultimi due secoli.